Python内核代码移除，建模界面缩放bug修复

app/simulation/README.md

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 旧 Python 积分器、数值组件方法和固定算例专用求解器已经退役。旧 `/api/reactflow/simulate-testmodel`、`/api/reactflow/simulate-test-mql` 返回 410；使用 `/api/system-xml/simulate` 或流式接口。
 
+旧 `ir/` 包、专属 schema、规范与测试已删除。当前 C 生成器直接使用经过校验的网络结构，不依赖旧 System IR v2。
+
 运行、支持范围与依赖见 [C 后端说明](../../native/README.md)。模型开发规则见 [组件规范](../../docs/standard/component-model-authoring-spec-v1.md)。历史性能、Amesim 差异和旧公式说明位于 `docs/other/` 及 Git 历史，不能作为当前运行入口。