Merge system-optimization IR contracts and retire legacy engine adapter

docs/update-log/更新日志-2026-09-10.md

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 - 固化 50 个网络、112 组 Python 参考状态，删除后用独立 EXE 回归；补充无需 NumPy/SciPy 导入的后台与代码生成检查。
 - 原生 RK45 完成 `skill-test` 10 s，最大步长 0.001 s、rtol 1e-7，预热后纯求解 0.381517 s；前端生产构建通过。
 - 当前生效范围与限制以 `docs/other/Python数值实现退役记录.md` 为准，前面的 Python 参考后端描述属于当日较早阶段。
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+- 合并 `system-optimization` 的 IR v2 规范、结构与校验器；退役依赖旧 Python 系统对象的 IR 导出器，保留 3 个冻结 IR 示例及 20 项校验回归。
+- 后端回归覆盖 280 项（1 项环境锁版本校验按配置跳过）；修正心跳测试的毫秒级定时假设后，对应 API 回归通过。前端构建与 3 项 Chrome 结果展示/恢复测试通过。
+- 更新 CI 为 Linux 合同校验、Windows C 求解回归；历史基准保留原始输入与哈希，生成的 EXE/DLL 不进入提交。